Çinli Araştırmacılar Dünyanın İlk Komple H1N1 Virüsü Simülasyonu için GPU Süper Bilgisayarı Kullanıyorlar

 

 

Tesla GPU’ları Çinli Araştırmacıların İlaçları Geliştirmelerine ve Salgınları Önlemelerine Yardımcı Oluyor

TÜRKİYE, İstanbul—10 Kasım 2011— NVIDIA bugün, Çinli araştırmacıların dünyanın ilk tam atom seviyesindeki H1N1 grip virüsü simülasyonunu oluşturmak için NVIDIA® Tesla™ GPU’lar kullanarak gribe karşı mücadeledeki yarışta büyük bir başarı elde ettiklerini duyurdu.

Çin Bilim Akademisi, Süreç Mühendisliği Enstitüsü (CAS-IPE) Araştırmacıları, moleküler dinamik simülasyonlarını H1N1 virüsünün atom yapısını incelemek için “hesaplamaya dayalı mikroskop” olarak kullanıyorlar1. Araştırmacılar, 2.200’den fazla NVIDIA Tesla GPU içeren Mole-8.5 GPU-hızlandırmalı süper bilgisayarı kullanarak H1N1 grip virüsünü simüle edebildiler ve virüs ile ilgili güncel teorik ve deneysel bilgilerin doğruluğunu inceleyebildiler.

CAS-IPE’de doçent olan Dr. Ying Ren, “Mole-8.5 GPU süper bilgisayar bugüne kadar mümkün olmayan bilimsel araştırmalar yapmamıza olanak veriyor” dedi. “Bu araştırmalar, salgınları kontrol altına almak için daha etkin yollar geliştirmek ve virüse karşı ilaçlar oluşturmak için önemli bir adım.”

Bakteri ve virüsleri laboratuvar deneylerinde incelemek zor çünkü tepkimeler genellikle son derece hızlı ve hassas. Bu sistemlerin bilgisayar simülasyonları, milyarlarca parçacığı doğru ortam koşullarında simüle etmenin güçlüğü ve karmaşıklığı nedeniyle daha önce süper bilgisayarların erişebileceği bir noktada değildi.

CAS-IPE araştırmacıları, GPU hızlandırmadan yararlanan bir moleküler dinamik simülasyonu uygulaması geliştirerek simülasyon konusunda bir buluş yaptılar². Bu uygulama, 288 sunucu düğümünden oluşan Mole-8.5 GPU süper bilgisayarda çalıştırıldı. Sistem, günde 300 milyon atom veya radikal için 1 femtosaniye entegrasyon süresi adımı ile 770 pikosaniye simüle edebiliyordu¹.

Çin’de GPU’lar içeren yüksek performanslı hesaplama sistemleri kullanılarak yürütülen geniş kapsamlı bilimsel araştırmalardan bazıları şunlardır:

• Türbülanslı akış simülasyonu – Türbülanslı akışları simüle etmek, kasırgaların oluşumundan kimya endüstrisindeki karıştırma işlemlerine kadar her şeyin incelenmesinde temel rol oynar. Bu çalışma, Pekin Üniversitesindeki araştırmacılar tarafından Tianjin Süper Hesaplama Merkezindeki Tianhe-1A GPU süper bilgisayar kullanılarak yapıldı.
• Hava modelleme – Savunma Teknolojisi Ulusal Üniversitesi araştırmacıları, Tianhe-1A sistemindeki WRF hava tahmin modelinden RRTM_LW adını verdikleri bir uzun-dalga radyasyon fizik modeli simüle ettiler. GPU-hızlandırmalı model, performansın iki katına çıkarılmasını sağlayarak hava tahmincilerine havayı daha hassas bir ayrıntı veya çözünürlük seviyesinde modelleme olanağı verdi.
• Füzyon enerjisi simülasyonları – Uluslararası ITER füzyon enerjisi araştırmaları çerçevesinde çalışan Irvine Kaliforniya Üniversitesinden fizikçiler Tianhe-1A GPU süper bilgisayarı GyrokineticTorodial Code füzyon enerjisi simülasyonlarını hızlandırmak için kullanıyorlar.

Çin Bilim Akademisi, Proses Mühendisliği Enstitüsü (CAS-IPE) hakkında daha fazla bilgi için lütfen http://english.ipe.cas.cn/ adresini ziyaret edin. Yüksek performanslı hesaplama için NVIDIA Tesla GPU’lar ile ilgili daha fazla bilgi için buraya bakın.

NVIDIA Hakkında
NVIDIA (NASDAQ: NVDA) 1999 yılında GPU’yu bularak, dünyaya bilgisayar grafiklerinin gücünü gösterdi. Bugün, NVIDIA işlemcileri akıllı telefonlardan süper bilgisayarlara kadar geniş bir aralıkta ürünleri güçlendirmektedir. NVIDIA mobil işlemciler cep telefonlarında, tabletlerde ve bilgi eğlence sistemlerinde kullanılmaktadır. PC oyuncuları kendilerini içine alan büyüleyici dünyaların keyfini yaşamak için GPU’lara güveniyorlar. Profesyoneller, GPU’ları filmlerde görsel efektler oluşturmak ve golf kulüplerinden jumbo jetlere kadar her şeyi tasarlamak için kullanıyorlar. Araştırmacılar ise GPU’lardan yüksek performanslı hesaplama ile bilimin sınırlarını aşmak için yararlanıyorlar. Şirket, modern programlama için temel olan tasarımları ve anlayışları da kapsayan patentler dahil dünya çapında 2.100'den fazla patente sahiptir. Ayrıntılı bilgi için www.nvidia.co.uk adresine bakın.

Bu basın ilanındaki şu beyanları da içeren ama bunlarla kısıtlı olmayan: GPU’ların ve paralel hesaplamanın bilimsel araştırmalardaki etkisi ve avantajları; ile şirket patentlerinin modern hesaplama üzerindeki etkileri, ileriye yönelik ifadeler olup, sonuçların beklentilerden somut olarak farklı çıkmasına neden olabilecek risklere ve belirsizliklere tabidir. Gerçek sonuçların somut olarak farklı olmasına neden olabilecek önemli etkenlerden bazıları şunlardır: küresel ekonomik koşullar; daha etkin veya hızlı teknolojilerin geliştirilmesi; teknolojik gelişme ve rekabetin etkileri; tasarım, imalat veya yazılım kusurları; tüketicilerin tercihleri veya taleplerindeki değişiklikler; sektör standartları ve arayüzlerinde değişiklikler; sistemlere entegre edildiklerinde ürün veya teknolojilerimizde yaşanabilecek beklenmedik performans kaybı ve 31 Temmuz 2011'de sona eren mali dönem için 10-Q Formu da dahil olmak üzere NVIDIA'nın ABD Sermaye Piyasası Kurulu'na sunduğu raporlarda zaman zaman ayrıntılarıyla belirttiği diğer unsurlar. SEC'e gönderilen raporların kopyaları Şirket web sitesinde yayınlanmaktadır ve NVIDIA'dan ücretsiz olarak edinilebilir. Bu ileriye yönelik beyanlar gelecekteki performansın garantisi değildir ve sadece buradaki tarihten itibarendir ve kanun tarafından gerekmediği sürece, NVIDIA gelecekteki olayları veya durumları yansıtmak amacıyla bu ileriye yönelik beyanları güncelleme zorunluluğunu reddeder.

###

© 2011 NVIDIA Corporation. Her hakkı saklıdır. NVIDIA, NVIDIA logosu ve Tesla; NVIDIA Corporation’un ABD ve diğer ülkelerde ticari markaları ve/veya tescilli ticari markalarıdır. Diğer şirket ve ürün adları, bağlantılı oldukları ilgili şirketlerin ticari markaları olabilir. Özellikler, fiyatlar, stokta mevcudiyet ve teknik özellikler, önceden haber vermeden değiştirilebilir.

¹ J. Xu, X. Wang, X. He, Y. Ren, W. Ge.J. Li, Application of the Mole-8.5 supercomputer: Probing the whole influenza virion at the atomic level. Chinese Science Bulletin, 2011. 56: p. 2114-2118.
² J. Xu, Y. Ren, W. Ge, X. Yu, X. Yang.J. Li, Molecular dynamics simulation of macromolecules using graphics processing unit. Molecular Simulation, 2010. 36: p. 1131-1140.