GPU ile Güçlendirilen AMBER 11 Biyobilimcilere Masaüstü Süper Hesaplama Olanağı Getiriyor

 

 

Hemen yayınlanmak üzere:

SANTA CLARA, Kaliforniya-ABD. —29 Nisan, 2010—Biyobilimcilerin masaüstü PC'lerinde süper hesaplama gücünü kullanmalarına olanak veren bir yazılım olan AMBER 11'in piyasaya çıkmasıyla, bir ilacın bulunmasının ardındaki uzun zaman alan bilimsel araştırma önemli ölçüde hızlanacak. 

Biyokimyacılar ve moleküler dinamik araştırma ile lgili diğer kişiler için en yaygın kullanılan uygulamalardan birinin son sürümü olan AMBER 11, geleneksel CPU tabanlı bir sunucuya göre aracı 100 kata kadar daha fazla hıza ulaştıran NVIDIA® grafik işlem birimlerinde (GPU'lar) çalışmak üzere optimize edilmiştir. GPU'lar, önceleri yalnızca bir süper bilgisayarda elde edilebilen performansın masaüstü iş istasyonundan alınabilmesine olanak vererek, bilim adamlarının paylaşılan bir süper bilgisayarda veya bölümlerine ait sunucularda zaman kaybetmesini önlemekte ve verimliliği artırmaktadır.

San Diego Kaliforniya Üniversitesi, San Diego Supercomputer Merkezi araştırma profesörü ve başlıca AMBER katılımcılarından Dr. Ross Walker, "Kullandığımız süper hesaplama kaynağı sürekli aşırı rağbet gördüğü için bir simülasyonu çalıştırmak için bir veya daha fazla gün beklememiz gerekiyor, bu da araştırma projelerimize haftalar ekliyor" dedi.

AMBER 11, yüksek performanslı bilgisayar uygulamalarının özel gereksinimleri için paralel CUDA™ mimarisini kullanan NVIDIA Tesla™ 20-serisi GPU'lardan yararlanmak üzere tasarlanmıştır. AMBER kullanıcıları ile yapılan ilk denemelerde Dr. Walker, bir dizi biyomelküler simülasyonda 30 katın üzerinde hız artışı bildiren bir düzineden fazla rapor aldı.


“Artık GPU'larla işlerimizin çoğunu masaüstünde yapabileceğiz ve bu da herşeyi değiştirecek. AMBER'i çalıştırmak için bilgisayar kaynaklarına yatırım yapmak isteyen araştırma bölümleri, her araştırmacıya GPU'nun etkinleştirildiği iş istasyonları sağlanmalıdır” diye ekledi Walker.

Dr. Walker, bir 25.000 atomlu implicit çözücü nükleozomun yaşam süresinde bir nano saniyeyi simüle ederken, yalnızca bir Tesla GPU'nun yüksek performanslı bir 512 CPU çekirdek grubu kadar işlem gücü sağladığını belirtti. JAC kriteri gibi daha basit bir explicit çözücü simülasyonunda, bir TESLA GPU'nun, NSF Ranger süper bilgisayarın 48 çekirdeğine eşdeğer bir işlem gücü sağladığını dile getirdi.

“Performansta elde edilen önemli artışlar yeni bilime olanak vermektedir ve Dr. Walker ile yaptığımız çalışma bu yeniliklerden biridir” dedi. “GPU'ların sağladığı hız ve daha da önemlisi GPU tabanlı iş istasyonlarına kolay erişim sayesinde, AMBER 11 ile bilim adamları artık çok daha fazla teoriyi test edebilecek ve çok sayıda farklı senaryo simüle edebilecekler.”

AMBER 11 hakkında daha fazla bilgi için buraya bakın. AMBER'in de bir parçası olduğu NVIDIA ürünü Tesla Bio Workbench'in biyofizikçilere ve sayısal kimyacılara GPU'ların kullanımı ile biyokimyasal araştırmaların sınırlarını zorlamada sağladığı olanaklar hakkında daha fazla bilgi için, lütfen burayı ziyaret edin.

NVIDIA Hakkında
A NVIDIA (Nasdaq: NVDA) 1999 yılında GPU'yu bularak dünyaya bilgisayar grafiklerinin gücünü gösterdi. Şirket o günden beri görsel hesaplamada daima yeni standartlar belirleyerek, taşınabilir ortam oynatıcılardan dizüstü bilgisayarlara varıncaya kadar çok çeşitli cihazlar üzerinde nefes kesici ve etkileşimli grafikler sundu. NVIDIA'nın programlanabilir GPU'lar alanındaki uzmanlığı paralel işlemede çığır açıcı yeniliklere yol açarak, süper hesaplamayı ucuz ve herkesin ulaşabileceği bir noktaya taşıdı. Şirket, modern programlama için temel olan tasarımları ve anlayışları da kapsayan patentler dahil 1.100'den fazla ABD patentine sahiptir. Ayrıntılı bilgi için www.nvidia.co.uk adresine bakın.

Bu basın ilanındaki şu beyanları da içeren ama bunlarla kısıtlı olmayan: NVIDIA Tesla GPUlar, CUDA mimarisi ve Amber 11, leriye yönelik ifadeler olup, sonuçların beklentilerden somut olarak farklı çıkmasına neden olabilecek risklere ve belirsizliklere tabidir. Gerçek sonuçların somut olarak farklı olmasına neden olabilecek önemli etkenlerden bazıları şunlardır: daha etkin veya hızlı teknolojilerin geliştirilmesi; tasarım, imalat veya yazılım kusurları; teknolojik gelişme ve rekabetin etkileri; tüketicilerin tercih ve taleplerindeki değişiklikler; müşterilerin farklı standartları veya rakiplerimizin ürünlerini benimsemesi; sektör standartları ve arayüzlerinde değişiklikler; sistemlere entegre edildiklerinde ürün ve teknolojilerimizde yaşanabilecek beklenmedik performans kaybı, ve 31 Ocak 2010'da sona eren mali dönem için 10-K Formu da dahil olmak üzere NVIDIA'nın ABD Sermaye Piyasası Kurulu'na sunduğu raporlarda zaman zaman ayrıntılarıyla belirttiği diğer unsurlar. SEC'e gönderilen raporların birer nüshası, NVIDIA web sitesinde yayınlanmaktadır ve NVIDIA'dan ücretsiz olarak edinilebilir. Bu ileriye yönelik beyanlar gelecekteki performansın garantisi değildir ve sadece buradaki tarihten itibarendir ve kanun tarafından gerekmediği sürece, NVIDIA gelecekteki olayları veya durumları yansıtmak amacıyla bu ileriye yönelik beyanları güncelleme zorunluluğunu reddeder.

# # #

© 2010 NVIDIA Corporation. Her hakkı saklıdır. NVIDIA, NVIDIA logosu, CUDA ve Tesla Bio Workbench NVIDIA Corporation'un Birleşik Devletler ve diğer ülkelerde ticari markaları ve/veya tescilli ticari markalarıdır. Diğer şirket ve ürün adları, bağlantılı oldukları ilgili şirketlerin ticari markaları olabilir. Özellikler, fiyatlar, stokta mevcudiyet ve teknik özellikler, önceden haber verilmeden değiştirilebilir.